Om koninginnen op met bijen bezette raten gemakkelijker te kunnen vinden, worden ze door imkers gemerkt. Dit gebeurt met bijvoorbeeld een verfstift of nagellak. Een klein stipje op het borststuk is al voldoende.
Koninginnen kunnen ook individueel gemerkt worden met merkplaatjes van plastic of metaalfolie, voorzien van een nummer, al dan niet in combinatie met de internationale jaarkleur, voor jaartallen eindigend op:
0 of 5: blauw;
1 of 6: wit;
2 of 7: geel;
3 of 8: rood;
4 of 9: groen.
Bijvoorbeeld: een koningin geboren in 2017 krijgt een gele stip, een koningin van 2018 een rode, enzovoorts.
De moer wordt voorzichtig bij de vleugels of het borststuk van de raat gepakt, maar ze kan ook met een vangkooitje of een vangclip worden gevangen. Er moet wel opgelet worden dat het achterlijf van de moer niet in de verdrukking komt. In een vangkooitje kan de koningin met een stempel tegen het netje worden gedrukt, zodat ze klem zit en gemerkt kan worden. Ook kan de moer voor het merken met een vangnetje op de raat of een zachte ondergrond worden vastgehouden.
Vaak draait de moer zich toch om in het kooitje en wordt daardoor met lijm besmeurd. Daarom is het beter het haar tussen duim en wijsvinger bij het borststuk vast te houden, een dun laagje lijm op het borststuk aan te brengen en het merkplaatje daarop te drukken. De lijm even laten drogen en dan de moer weer op de raat tussen de bijen plaatsen.